終末のハーレム

2040年、難病の細胞硬化症に罹り、コールドスリープすることになった医学生・水原怜人は幼馴染・橘絵理沙と再会を約束し、長い眠りにつく。だが5年後、目覚めると世界は一変していた。MKウイルスによって99.9%の男性が死滅していたのだ。ウイルスへの抵抗力を持つ怜人は、絵理沙に瓜二つの担当官・周防美来からある依頼をされる。それは人類の存続のため、残された女性たちとメイティング（子作り）することだった…！

かわるがわる美女を抱き、憧れの美人女優ともメイティングできる…。最初に目覚めたナンバーズ・火野恭司は、この世界を心ゆくまで楽しんでいた。一方、怜人はメイティングの猶予を与えられる代わりに、美来からある条件を突きつけられる。それは、専属のボディガードとナースと毎夜、一緒のベッドで寝ることだった！それでも絵理沙への想いを貫く怜人。だが、シャワー中に裸の女性が現れ、強引に迫られてしまう。

3人目のナンバーズ・土井翔太のかつての高校生活は散々なものだった。不良たちに目を付けられ、いじめられる毎日。あげく、怜人たちと同じ細胞硬化症に罹り学校を去ることになってしまう。しかし5年後、コールドスリープから目覚めた翔太は、担当官・神谷花蓮のプロデュースによって高校生活をやり直すことに。待っていたのは、魅力的な女子生徒に囲まれた甘美かつ刺激的な青春…そして、かつて憧れた担任教師・羽生柚希だった。

柚希と逢瀬を重ね、その魅力に取りつかれていく翔太。その一方で、水泳の授業中に熱っぽい視線を浴びたり、たまたま裸を見てしまったり、とクラスメイトを意識することも増えていく。そんな中、花蓮からあるお願いが。女子寮の空調が壊れた為、翔太の部屋に交代でクラスメイトを泊めて欲しいというのだ。最初にやってきたのは一条奈都。彼女は一人では着替えすらできず、誰かと一緒でないと眠れないという浮世離れしたお嬢様で…。

ワクチン開発が思うように進まない怜人。さらにメイティングを避けてきたことで美来が更迭、新たな担当官として片桐麗亜と黒田マリアがやってくる。2人を加え、慶門市へ向かう怜人たち。道中、研究者でもあるマリアにMKウイルス人工説をぶつけると、慶門市にはその手掛かりとなる重要人物がいると明かされる。期待に胸を膨らませ、怜人が旅館の温泉に入っていると、そこに女性陣がやってきて彼女たちの体を洗うことに…!?

谷口から日本初のMKウイルス感染者であった夫について聞き出せるかと思われた矢先、谷口の容態が急変したことで調査が行き詰まってしまう。しかし、彼女から預かった写真立てが絵理沙の残したスマートリングと反応。データを確認すると、それはMKウイルスの作成法に関する論文だった…。一方、日々にマンネリを感じ始めた火野。刺激を求め、新たなメイティング候補を探すのだが…彼が惹かれたのは怜人の妹・まひるだった！